Фамилия Матомых — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Чтобы понять её корни, нужно отбросить привычную модель «основа + суффикс принадлежности» (-ов, -ин). Здесь суффикс совсем другой: -ых. Такая модель типична для северных и сибирских говоров, а также для фамилий, возникших в среде казачества и старообрядцев. Фамилии на -ых (Матомых, Черных, Седых) не склоняются и отвечают на вопрос «чьи?» — то есть обозначают принадлежность целому роду, а не одному человеку. Изначально это была форма родительного падежа множественного числа: «из дома Матомых».

Основа «Матом-» — самая загадочная часть. Скорее всего, это прозвище или вариант личного имени. Можно предположить, что перед нами искажённое или диалектное произношение имени Матвей. В русских говорах имя Матвей нередко звучало как Матомей, Матомий, а в безударном положении конечный звук мог редуцироваться, давая форму «Матом». Тогда Матомых — это «из рода Матома», то есть потомки человека, которого в обиходе звали Матом (от Матвей). Такое стяжение имён — обычное дело в народной среде: Евсей превращался в Евс, Пётр — в Петр, а Матвей — в Матом.

Вторая версия — прозвищная. Слово «матомый» или «матома» могло быть местным прозвищем человека с некой характерной чертой. Например, в некоторых говорах «матошить» означает суетиться, беспокоиться, делать что-то торопливо. Отсюда «матома» — суетливый, непоседливый человек. Прозвище могло закрепиться за родоначальником, а потом перейти в фамилию по модели «Матома → Матомых».

Географически фамилия Матомых встречается крайне редко. Основные очаги — Архангельская область, а также некоторые районы Сибири, куда в XVII–XVIII веках переселялись поморы и старообрядцы. Это косвенно подтверждает связь с северорусской традицией фамилий на -ых. Никаких сведений о дворянском происхождении или принадлежности к известным сословиям нет — скорее всего, предки носителя фамилии были крестьянами или посадскими людьми.

Таким образом, фамилия Матомых — это родовое прозвание на -ых, образованное либо от народной формы имени Матвей (Матом), либо от прозвища, связанного с суетливым нравом. Точный корень сегодня восстановить сложно, но обе версии укладываются в логику русской антропонимики.