Фамилия Матрахина — женская форма фамилии Матрахин, которая образована по самой распространённой в русском языке модели: к основе прозвища или имени добавлялся суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Матрахи). Основа здесь — «Матраха». Это слово не встречается в современных словарях литературного языка, но в народных говорах могло иметь несколько значений.

Самая прямая версия — диалектное прозвище Матраха. В некоторых русских говорах «матрахать» означало «болтать, молоть вздор», «суетиться без толку» или «ходить вразвалку». Соответственно, Матрахой могли назвать человека неспокойного, суетливого, либо, наоборот, медлительного и неуклюжего — в зависимости от местного оттенка. Прозвища с суффиксом -ах- (-аха) вообще характерны для северных и северо-восточных русских говоров: вспомните Малаха, Путаха, Верзила — они часто давались по поведению или внешности.

Вторая версия, менее вероятная, но допустимая: Матраха — это искажённая форма канонического имени Матфей или Матвей. В народной среде имя могли переделать в Матрах (через стадию Матёха, Матраха). Однако такая трансформация редка: обычно Матвей даёт фамилии Матвеев, Матюхин, Матюшин. Вариант «Матрахин» мог возникнуть на стыке двух традиций — если прозвище Матраха закрепилось за человеком по имени Матвей, но это лишь предположение.

Третья, чисто бытовая гипотеза: прозвище могли дать по предмету — матрацу. В старину матрацы называли «матрахами», «матрасами» (от немецкого Matratze). Прозвище Матраха мог получить либо торговец постельными принадлежностями, либо человек, который спал на чём-то необычном, либо просто полный, мягкий телом. Но эта версия слабее: прозвища по предметам обихода обычно образуются с суффиксом -ник (Матрасник), а не -аха.

Фамилия Матрахин встречается в основном в центральных и северных областях России — в Вологодской, Костромской, Кировской областях, а также на Урале. Это соответствует ареалу бытования прозвищ на -аха. Встречаемость фамилии невысокая, что подтверждает её происхождение от локального прозвища, а не от широко распространённого имени.

Итак, предок носительницы фамилии Матрахина, скорее всего, получил прозвище Матраха за особенность характера или поведения: был говорлив, суетлив или, напротив, медлителен. Суффикс -ин указывает, что фамилия закрепилась в крестьянской среде, где детей называли по отцу: «Иван Матрахин сын» со временем превратилось в просто Матрахин.