Фамилия Матрушин образована по типичной русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Матрушин, то есть сын или потомок человека по имени или прозвищу Матруша. Основа здесь — Матруша, разговорная форма крестильного имени Матфей (в русской традиции часто звучащего как Матвей). Уменьшительные варианты этого имени в народе были разнообразны: Матюша, Матря, Матруня и, наконец, Матруша. Последняя форма встречается реже остальных, что делает фамилию Матрушин менее распространённой по сравнению с Матвеевым или Матюшиным.

По сути, Матрушин — это фамилия, происходящая от канонического имени, но через нестандартный суффикс. Если бы предок звался Матвеем, его дети стали бы Матвеевыми. А вот если в быту его называли Матрушей — то и фамилия пошла от этого прозвищного варианта. Такое словообразование характерно для северных и центральных областей России, где цокающие и смягчённые формы имён были особенно популярны. В документах XVII–XVIII веков можно встретить крестьян и посадских людей с именем Матрушка, что подтверждает реальность этой основы.

Есть и другая, менее вероятная версия: связь с диалектным словом «матруха» — так в некоторых говорах называли мать, мачеху или просто пожилую женщину. Тогда Матруша могло быть прозвищем человека, похожего на мать или живущего с мачехой. Однако ономастика обычно отдаёт предпочтение имени, так как фамилии от женских прозвищ встречаются реже, а Матруша как уменьшительное от Матфея — форма типичная и хорошо задокументированная.

Социально фамилия Матрушин не несёт сословной окраски: её могли носить и крестьяне, и мещане, и духовенство (в среде священников тоже использовали уменьшительные имена). Встречается она преимущественно в Поволжье и на Урале, что подтверждается данными современных телефонных справочников и архивов. Если вы носите эту фамилию, ваши предки, скорее всего, были людьми из простонародья, и их родовое имя запомнило ту самую домашнюю, ласковую форму, которой их называли в семье.