Фамилия Мацукатов — самобытный памятник греческой культуры, который прошёл через процесс русификации. Она образована от прозвища Мацукат, а суффикс -ов в конце указывает на то, что фамилию адаптировали под русскую словообразовательную модель: потомок человека по прозвищу Мацукат со временем стал Мацукатовым.

Само прозвище Мацукат, скорее всего, восходит к названию области Мацука, которая в XV веке находилась в Трапезундской империи. Это греческое государство располагалось на побережье Чёрного моря, и для его жителей было естественно получить именование по месту, откуда человек родом. Такая версия выглядит правдоподобной: ойконимические прозвища — один из самых распространённых источников фамилий, и привязка к конкретному региону объясняет, почему прозвище закрепилось за родом.

Согласно другой гипотезе, прозвище Мацукат ведёт начало от ромейского слова «мацука» — «палка, дубина, трость». Не исключено также, что оно связано с родственным словом «мацоклу» — «скалка для теста». Если принять эту версию, прозвище относится к так называемым «профессиональным» именованиям, содержащим указание на род деятельности человека: возможно, предок современного носителя фамилии занимался изготовлением различных предметов домашнего обихода. Однако здесь есть слабое место: прозвища по орудию труда обычно давали самому мастеру, а не называли его этим орудием. Поэтому версия с областью Мацука выглядит предпочтительнее, хотя и не бесспорной.

Процесс формирования каждой отдельной фамилии мог быть длительным и не всегда имел привязку только к одной местности. Окончательно говорить о точном времени и месте происхождения фамилии Мацукатов можно лишь на основании серьёзных генеалогических исследований, которые учитывали бы и историю Трапезундской империи, и пути миграции греческого населения в Россию.