Фамилия Мацунюш — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает все остальные версии. Её основа, суффикс и звуковой облик указывают на западный ареал расселения славян, скорее всего, на территорию современной Беларуси или юго-восточной Литвы. Суффикс -юш в славянских фамилиях встречается нечасто, но он характерен для белорусской ономастики и иногда для польской, где мог передавать уменьшительность или принадлежность к роду (ср. белорусские фамилии на -ук/-юк, -ик, -юш).

Самая вероятная основа — личное имя Мацун, которое является производной формой от канонического имени Матвей (через польское или белорусское Мацей, Мацко). Уменьшительный суффикс -ун (как в Мацун) в белорусском языке часто добавлялся к именам для образования ласковых или обиходных форм, а затем такие прозвища закреплялись за детьми и внуками. Фамилия Мацунюш, таким образом, могла означать «сын Мацуна» или «маленький Мацун», то есть внук или потомок человека по прозвищу Мацун.

Менее вероятная, но не исключённая версия — связь с литовским корнем. На территории бывшего Великого княжества Литовского, где белорусский и литовский языки веками соседствовали, фамилии с похожим звучанием могли возникать на стыке культур. В литовском есть слово maciūnas (мачюнас) — «кузнец», но фонетически фамилия Мацунюш к нему не сводится напрямую: переход -ūn- в -un- и замена -as на -юш маловероятны. Поэтому славянская версия с именем Матвей остаётся основной.

Написание фамилии с мягким знаком на конце (Мацунюш, а не Мацунюс) — дополнительный аргумент в пользу её белорусского происхождения. В польском языке аналогичная фамилия писалась бы как Maciuniusz, но в русской передаче она закрепилась именно через мягкий знак, что типично для фамилий, попавших в русские документы из западнорусских говоров. Сословно носители такой фамилии, скорее всего, относились к крестьянам или мещанам: фамилии на -юш не встречаются среди дворянских родов, которые обычно образовывались по модели -ский/-цкий.