Фамилия Мацупина, как и большинство русских фамилий с окончанием -ин, происходит от прозвища или имени, оканчивающегося на -а/-я. В данном случае основа — Мацупа. Это не церковное имя, а скорее всего, прозвище, и его корни стоит искать в диалектной лексике или иноязычных заимствованиях.

Самая правдоподобная версия связывает Мацупу с украинским или южнорусским словом «мацать» — ощупывать, трогать руками. В таком случае Мацупой могли назвать человека с характерной привычкой что-то трогать, проверять руками, или же мастера, работа которого требовала постоянного осязания (например, гончара, лепщика, ткача). Суффикс -упа в прозвищах встречается редко, но он характерен для украинской и белорусской традиции (сравните: Мишура, Карапуз, Тяпа). Это придаёт фамилии выраженный юго-западный или западнорусский оттенок.

Менее вероятная, но возможная версия — от тюркского корня «мац» (малыш, детёныш) или «мацы» (смешной, забавный), что могло превратиться в ласкательное прозвище Мацупа для младшего ребёнка или низкорослого человека. Однако в русском ономастиконе такие переходы редки, и версия с «мацать» выглядит проще и естественнее.

Географически фамилия Мацупина встречается прежде всего в западных регионах России, а также в Беларуси и на Украине. Это указывает на то, что предки носителей фамилии, скорее всего, были крестьянами или ремесленниками из этих мест, получившими прозвище по бытовой черте или занятию. В дворянские роды эта фамилия не попала — её нет в родословных книгах, что подтверждает её простонародное происхождение.

Таким образом, Мацупина — это «фамилия-прозвище», образованная по продуктивной модели с суффиксом -ин, но с необычной основой, которая выдаёт её диалектное или региональное происхождение. Носитель такой фамилии может с высокой долей вероятности проследить свои корни в западнорусских или украинских землях, где «мацать» было обычным словом, а прозвища давали по живым и точным приметам.