Фамилия Мацупко звучит не по-русски, и это первое, что бросается в глаза. Её основа — Мацуп — явно не из славянского именослова, а суффикс -ко типичен для украинской модели фамилий, особенно в центральных и южных областях. Такое сочетание сразу указывает на украинское происхождение, причём, скорее всего, из региона, где переплелись влияния польского, белорусского и, возможно, еврейского языков.

Корень «Мац-» — это народная форма имени Матвей (через польское Maciej или белорусское Мацей). В украинских говорах имя Матвей нередко сокращали до Маць, Мацюк, Мацура. Суффикс -уп- здесь — редкий, но встречающийся вариант уменьшительно-ласкательного или пренебрежительного форманта, как в словах «хлоп» — «хлопупа» (парень). Таким образом, Мацуп — это, вероятно, искажённое или диалектное производное от Матвей, что-то вроде «Матеушка» или «Мацейка». Фамилия Мацупко, соответственно, означает «потомок Мацупа» или «сын Мацупа».

Географически фамилия тяготеет к западным и центральным регионам Украины, особенно к Волыни и Подолью. Там имя Матвей в польской огласовке Maciej было очень распространено, а местные говоры охотно дробили имена с помощью нестандартных суффиксов. Встречается фамилия и в Беларуси, но реже — там чаще используют форму Мацкевич или Мацюк.

Сословно носители фамилии Мацупко — это, скорее всего, крестьяне или казаки. В реестрах запорожского казачества XVII–XVIII веков встречаются прозвища на -ко, но конкретно эта фамилия не фиксируется в ранних документах, что говорит о её более позднем оформлении — вероятно, в XIX веке, когда фамилии активно закреплялись за сельским населением после отмены крепостного права.

Спорных версий у фамилии немного. Можно было бы предположить связь с польским словом macać (щупать, трогать), но это дало бы прозвище Щупальце, а не Мацуп. Или возвести к еврейскому имени Матс (Матвей на идише), но тогда суффикс -ко нехарактерен для еврейских фамилий. Наиболее правдоподобная версия — именно украинское производное от Матвея с редким суффиксом, что и делает фамилию узнаваемой и непохожей на соседние Мацюк или Мацкевич.