Фамилия Матулайте звучит нехарактерно для русского уха, и это первый ключ к её происхождению. Суффикс -айте прямо указывает на литовское или жемайтское образование: в литовском языке суффикс -aitis (в женском роде -aitė, в русской передаче часто -айт/айте) указывает на потомка, сына или дочь. Следовательно, Матулайте в исходном виде — это дочь или жена человека по имени или прозвищу Матулас.

Основа Матул- почти наверняка восходит к литовскому мужскому имени Матулас (Matulas), которое является народной формой христианского имени Матфей (лит. Motiejus). В литовской антропонимии было принято усекать и адаптировать греческие и латинские имена на свой лад, добавляя суффиксы -ulis, -ėlis, -ulas. Так и возникло имя Матулас, а от него — патронимическая фамилия Матулайтис (Matulaitis). В женском роде, по литовской традиции, окончание меняется на -aite, что и дало форму Матулайте.

В русскоязычной среде, особенно в Калининградской области, Литве или среди потомков литовских переселенцев в Сибири, фамилия могла закрепиться именно в такой транслитерации. Интересно, что в литовском языке ударение обычно падает на последний слог (Матула́йте), а в русском произношении часто смещается на второй (Мату́лайте) или третий. Социально фамилия не несёт сословной окраски: её могли носить и крестьяне, и мелкие шляхтичи, так как патронимические фамилии на -aitis распространены по всей Литве. Сравните с однокоренными фамилиями Матулас, Матулявичюс — все они из одного гнезда, но Матулайте стоит особняком как чисто женская форма, что редкость для русской фамильной традиции, где пол носителя обычно не отражается в окончании.