Фамилия Мауытова, скорее всего, тюркского происхождения, и её разумнее всего рассматривать как женскую форму фамилии Мауытов. Основа фамилии — личное имя или прозвище Мауыт. В казахском, башкирском и других тюркских языках имя Мауыт (варианты — Мауит, Мауыт) восходит к арабскому «Мауид» — «обещанный», «данный обетом». Часто так называли долгожданного, вымоленного у Всевышнего ребёнка. Словообразовательная модель здесь прозрачна: к основе Мауыт добавляется русский патронимический суффикс -ов (в женском роде -ова), что характерно для фамилий, оформленных по русскому образцу в XIX–XX веках среди тюркских народов, входивших в состав Российской империи.

Географически фамилия Мауытова наиболее вероятно бытует в среде казахов, реже — у башкир или татар. В Казахстане имя Мауыт и его производные встречаются в разных регионах, особенно в Западном и Центральном Казахстане. Поскольку суффикс -ов (-ова) в тюркских фамилиях закрепился в основном после переписей и паспортизации в советское время, можно предположить, что предки носительницы фамилии были скотоводами или земледельцами, а имя Мауыт передавалось по мужской линии как родовое.

Стоит отметить, что фамилия редкая: она не входит в списки массовых русских или тюркских фамилий. Встречаются варианты написания — Мауитова, Мауытов, но форма с «ы» после «у» (Мауыт) отражает более точное произношение в казахском языке, где звук «ы» близок к твёрдому «и». Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то к той же основе восходят, например, казахские фамилии Мауытов, Мауитов, а также более редкие Мауытович (встречаются у потомков переселенцев).

Других версий — например, связи с русским словом «мауыт» (которого нет в словарях) — не существует. Фамилия однозначно тюркская, с ясной семантикой «обещанный» и типичным суффиксом, указывающим на принадлежность к роду.