Фамилия Майкифер — редкий пример, когда основа почти наверняка иноязычная, а суффикс — русский. Если отбросить конечное -ер, перед нами немецкая или еврейская фамилия Майкиф (Meikif, Maikif), которая в России получила типичный патронимический суффикс -ов (в произношении оглушённый до -фер). Однако в русском языке фамилии на -фер практически не образуются: это не продуктивная модель. Значит, носитель — выходец из немецкоязычной или идиш-говорящей среды, чью фамилию русифицировали на слух.

Корень, скорее всего, восходит к немецкому «Meike» — уменьшительной форме имени Мария (через Марихен, Майкен) или к диалектному прозвищу «Meik» (задира, упрямец). В среде ашкеназских евреев фамилии на -ман, -зон, -фер часто искусственно конструировались в XIX веке, и «Майкифер» могло означать «человек из Майкифа» (от топонима) или «сын Майки» (если -фер — искажённое -sohn). Второй вариант правдоподобнее: в Российской империи чиновники нередко записывали фамилии на слух, заменяя непривычные окончания на привычные -ов, -ев, -ин.

Географически фамилия тяготеет к западу бывшей черты оседлости — Волынь, Подолье, Бессарабия, где немецкие колонисты и еврейские общины соседствовали. В современных базах данных Майкифер встречается единично, в основном на юге Украины и в Молдове. Ни одной известной исторической личности с такой фамилией не зафиксировано — это редкая локальная ветвь, не попавшая в массовые переписи.

Словообразовательный нюанс: если бы фамилия была исконно русской, она звучала бы как Майкифов или Майкифин. Суффикс -ер выдает иностранный субстрат. При этом окончание -фер не стоит путать с немецким -фер (от Beruf — профессия): в данном случае это чисто фонетическое искажение, а не осмысленная часть.