Фамилия Майнаковский — одна из тех, чью основу можно истолковать по-разному. Но главное в ней — не корень, а суффикс: -овск- указывает на типично польскую или украинскую модель образования фамилий от географических названий. В русской традиции такие фамилии часто оканчиваются на -ский, но в данном случае основа усечена: полная форма исходного топонима могла звучать как Майнаково, Майнаков или Майнаки.

Самый прямой путь к объяснению — от названия населённого пункта Майнаки или Майнаков. На карте бывшей Речи Посполитой и юго-западных губерний Российской империи встречаются сёла с похожими названиями (например, Майнаки на Украине или в Беларуси). Тогда Майнаковский — это «тот, кто родом из Майнаков», то есть дворянин или крестьянин, получивший фамилию по месту жительства.

Но есть и вторая версия, связанная с прозвищем. Слово «майнак» в некоторых говорах могло означать человека, связанного с майной — так в старину называли особый вид слюды или тонкого стекла, а также крупную чайку (птицу). Прозвище могли дать стекольщику, торговцу слюдой или человеку с характерной внешностью, напоминающей птицу. Однако эта версия менее вероятна: фамилии на -ский редко образуются от прозвищ напрямую, обычно они привязаны к месту.

С точки зрения словообразования, модель «основа + -овский» — самая распространённая для фамилий шляхетского происхождения на восточных землях Польши и в западных губерниях России. Если бы фамилия была чисто русской, она скорее звучала бы как Майнаков. Суффикс -ский в русской среде часто указывал на духовное сословие (например, семинарские фамилии), но в данном случае польско-украинский след кажется более сильным.

Спорных моментов два: во-первых, неясно, какой именно топоним лёг в основу (Майнаки, Майнаково или что-то иное), во-вторых, могла ли фамилия возникнуть от личного имени Майнак, которое встречалось у татар или народов Поволжья. Но для славянской фамилии такое заимствование нетипично, и большинство носителей, судя по географии, сосредоточены на западе России и в Беларуси.