Фамилия Майнакская — редкий случай, когда географическая основа почти наверняка перевешивает прозвищную. Она образована по продуктивной модели от названия населённого пункта с помощью суффикса -ск- и окончания -ая, что типично для дворянских или просто «географических» фамилий, указывающих на владение землёй или место происхождения. В русской традиции фамилии на -ский/-ская часто носили выходцы из Западной Руси (современные Беларусь, Украина) или же дворяне, бравшие фамилию по названию своего поместья. Майнакская — женская форма, мужская будет Майнакский.

Корень «Майнак» отсылает к топониму. Самый вероятный кандидат — село Майнак (или Майнаки) в Крыму, известное своими соляными озёрами и бальнеологическим курортом. В таком случае фамилия могла принадлежать либо потомственным жителям этого села, либо, что более вероятно для фамилии на -ский, помещикам, владевшим землями в той местности. В Крыму подобные фамилии встречались среди обрусевших греческих или татарских родов, а также среди российских дворян, получивших имения после присоединения полуострова.

Есть и другая, менее очевидная версия: основа «Майнак» может восходить к тюркскому слову «майна» (в значении «главный, основной» или «овраг, низина»). В таком случае фамилия могла закрепиться за переселенцами из Поволжья или Сибири, где встречаются речки и урочища с похожими названиями. Однако суффикс -ск- в сочетании с тюркской основой встречается реже и чаще указывает на вторичное, уже русифицированное образование в среде духовенства или чиновничества.

Написание фамилии с двумя «к» — Майнакская, а не Майнацкая — сохраняет исходный звук основы и говорит о том, что слово не прошло через чередование к/ц, которое было бы неизбежно при народном, «крестьянском» образовании фамилии (например, от прозвища Майнак). Это лишний аргумент в пользу книжного, канцелярского или помещичьего происхождения: фамилию записали так, как писалось название имения или села, не редуцируя его.