Фамилия Мазонас, скорее всего, звуковой вариант фамилии Мажонас, и её происхождение уходит корнями в литовский язык. В основе лежит древнее литовское слово mažas — «малый», «маленький». Имя Мажас, от которого образована фамилия, могли дать самому младшему ребёнку в семье, что было распространённой практикой именования в традиционных обществах. Литовский суффикс -онас типичен для фамилий, указывающих на принадлежность или характеристику человека, так что Мазонас буквально означает «сын (или потомок) Мажаса».

Существует и альтернативная версия, связывающая фамилию с прозвищем Мазан, производным от глагола «мазать». В этом случае прозвище могло указывать на род занятий: например, на ремонт телег (смазывание колёс дёгтем), обмазку глиной стен дома или проживание в доме-мазанке. Однако литовская версия выглядит более убедительной: фамилия Мазонас имеет чёткую словообразовательную модель, характерную для балтийских фамилий, тогда как «профессиональная» версия опирается на русскую лексику, что менее вероятно для фамилии с таким суффиксом. Скорее всего, предки носителя фамилии были литовцами или жителями балтийского региона, а фамилия закрепилась за младшим в роду.