Фамилия Мазюнин — одна из тех, где суффикс -ин сразу указывает на принадлежность: «чей?» — Мазюнин, то есть сын или потомок человека по имени или прозвищу Мазюня. Это типичная русская патронимическая модель, но её основа редкая и неочевидная.

Исходное слово «мазюня» в русских говорах могло иметь два значения. Первое — диалектное название неряшливого, неаккуратного человека, того, кто «мажется» или пачкается. Второе — уменьшительно-ласкательная форма от имени Матвей (через варианты Мазей, Мазюта). В пользу второй версии говорит то, что в старых документах встречаются формы вроде Мазюта, Мазя, которые легко превращались в прозвище Мазюня. Таким образом, предок-родоначальник мог быть либо Матвеем, которого в быту звали Мазюней, либо человеком, получившим прозвище за неопрятность.

Суффикс -ин в фамилии Мазюнин — один из самых распространённых в русской ономастике, он характерен для фамилий, образованных от основ на -а, -я. Географически фамилия тяготеет к центральным и северным областям России, где -ин встречается чаще, чем на юге. Встречается она нечасто, что говорит о локальном бытовании прозвища или имени-основы.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Мазюков, Мазютин, Мазюра — показывает, что все они восходят к одному корню, но различаются суффиксами. Мазюнин — одна из самых простых по форме: без дополнительных суффиксов -ов- или -к-, прямое указание на отчество. В дореволюционных переписях носители фамилии могли быть крестьянами или мещанами, но сословная принадлежность не закреплена в самой фамилии — только по косвенным данным.