Медуницына — женская форма фамилии Медуницын, и её происхождение напрямую связано с растением медуницей. В отличие от многих «растительных» фамилий, образованных от названий овощей или злаков, эта отсылает к луговому цветку, известному своим ранним цветением и медоносными свойствами. Само слово «медуница» в народе имело и второе значение — так называли сладкоежку, любителя полакомиться. Поэтому прозвище Медуница мог получить либо пчеловод, торгующий медом, либо человек с пристрастием к сладкому, либо просто обладатель мягкого, «медового» характера.

Фамилия образована по стандартной восточнославянской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: Медуницын — сын Медуницы, то есть потомок человека с таким прозвищем. Окончание -а в вашем варианте — грамматический показатель женского пола носительницы. Интересно, что в говорах встречались и другие формы: Медуничкин, Медунчиков, но Медуницын — самая устойчивая, закрепившаяся в официальных документах.

Географически фамилия тяготеет к центральным и северным областям России, где медуница особенно распространена в лесах и на опушках. Встречается она и на Урале, куда переселенцы принесли прозвище из метрополии. Поскольку медуница — растение не сельскохозяйственное, а дикорастущее, прозвище вряд ли давали крестьянину-земледельцу. Скорее, это характеристика человека по его занятию (бортничество, пасечное дело) или по личным качествам.

В писцовых книгах XVII века фамилия не фиксируется — она явно более поздняя, крестьянская или мещанская, возникшая после отмены крепостного права, когда бывшие крепостные массово получали фамилии по прозвищам. Дворянской ветви у Медуницыных нет: фамилия осталась в народной среде, что подтверждается её «говорящим» корнем, лишённым книжного налёта.