Фамилия Медунина — типичный пример «материнской» фамилии, образованной по модели, которая в русской ономастике встречается реже, чем «отцовская». Суффикс -ин указывает на принадлежность: Медунина — буквально «дочь (или жена) Медуни». А вот сама основа Медуня — это либо прозвище, либо уменьшительная форма личного имени.

Самый прямой вариант: прозвище Медуня могли дать человеку, связанному с мёдом — пасечнику, бортнику или торговцу медовыми напитками. В русских говорах слово «медун» или «медунья» означало любителя мёда, сладкоежку, а также растение-медонос (например, медуницу). В этом случае фамилия относится к профессиональным или характерологическим: предок носителя либо занимался пчеловодством, либо получил прозвище за пристрастие к сладкому.

Менее очевидная, но возможная версия — связь с нецерковным именем Медуня. В дохристианской Руси были распространены имена от названий животных, растений и явлений природы. Медуня могло быть ласкательным домашним именем, производным от более древнего славянского имени типа Медун или Медведь (с корнем «мед»). В пользу этой версии говорит то, что фамилии на -ин часто образовывались именно от личных имён, а не от прозвищ.

Географически фамилия Медунина тяготеет к северным и центральным регионам России — Вологодской, Архангельской, Костромской областям, где традиционно было развито бортничество и пчеловодство. Встречается она и на Урале, куда переселенцы приносили свои прозвища. Мужской вариант — Медунин — фиксируется в писцовых книгах XVII века, что говорит о древности фамилии.

С точки зрения словообразования интересно, что фамилия сохранила мягкий вариант основы (Медун-я, а не Медун), что характерно для прозвищ с уменьшительно-ласкательным оттенком. В XIX веке могли возникнуть варианты написания через «ё» (Мёдунина), но в современном русском языке закрепилась форма с «е». Если ваш предок носил эту фамилию, скорее всего, он был либо пчеловодом, либо человеком, получившим прозвище за любовь к мёду — и фамилия эта, как ни странно, одна из немногих «вкусных» русских фамилий, сохранивших прямую связь с народным бытом.