Фамилия Медунова — женская форма фамилии Медунов, которая образована по стандартной для русских фамилий модели с патронимическим суффиксом -ов. Основа здесь — прозвище или мирское имя Медун. В основе слова лежит «мёд»: медуном на Руси называли пчеловода, бортника, того, кто добывал дикий мёд. В некоторых говорах «медун» — это ещё и сладкоежка, любитель мёда, а также растение-медонос (например, клевер или таволга). Таким образом, фамилия указывает на род занятий предка (пчеловодство) или на его характер (лакомка).

Интересная деталь: в отличие от более частых «пчелиных» фамилий вроде Пчелин, Пчельников, фамилия Медунов акцентирует именно продукт — мёд, а не насекомое. Это сближает её с фамилиями Медов, Медовиков. Встречается она преимущественно в центральных и южнорусских областях, где бортничество было развито исторически.

Есть и менее очевидная версия: в некоторых диалектах «медун» — это медный котёл для варки пива или браги (от слова «медь»). Если предок был медником или пивоваром, прозвище могло закрепиться за ним по этому признаку. Однако связь с мёдом и пчеловодством считается основной — она подтверждается и частотой однокоренных фамилий в крестьянской среде.

Фамилия недворянская, типично крестьянская или посадская. В дореволюционных метрических книгах Медуновы встречаются в Тульской, Рязанской, Воронежской губерниях. Суффикс -ов указывает на то, что фамилия закрепилась в XVI–XVII веках — в период массового оформления русских родовых имён.