Фамилия Мефоков — одна из тех, что сразу выдают свой тюркский корень, но не лежат на поверхности. Её основа — личное имя или прозвище Мефок, которое, скорее всего, восходит к тюркскому мэфук (вариант произношения мефук), что означает «ушибленный», «помятый» или «надломленный». В переносном смысле так могли назвать человека с грубой внешностью, неровной походкой или, наоборот, с тяжёлым характером — «битого жизнью». В некоторых тюркских диалектах слово мефок также связывают с понятием «неудачник» или «невезучий», что было типично для прозвищ, призванных оберегать от сглаза: считалось, что плохое имя отпугнёт злых духов.

Фамилия образована по классической русской модели с суффиксом -ов, который в данном случае указывает на принадлежность: «сын Мефока». Это типичный для XVI–XVII веков способ адаптации нерусских имён в среде служилых татар, башкир или народов Поволжья. Мефоковы могли быть выходцами из казанских или астраханских татар, которые после присоединения этих ханств к России переходили на русскую службу и получали фамилии по отцу. В документах XVII века встречаются похожие фамилии — Мефодьев (от греческого Мефодий), но Мефоков стоит особняком: здесь нет связи с христианскими святцами, это чисто бытовое, мирское прозвище.

Географически фамилия редкая. Основные очаги — юг России (Ростовская область, Краснодарский край) и Западная Сибирь, куда в XIX веке переселялись крестьяне из центральных губерний. Встречается также у ногайцев и кумыков, что подтверждает тюркскую природу корня. В дореволюционных переписях Мефоковы не фиксируются среди дворянских родов — это фамилия крестьянская или мещанская, без гербов и громких страниц в истории.

Сложность в том, что имя Мефок не зафиксировано в крещальных святцах, а в тюркских языках оно могло иметь вариацию Мэфук, Мэфок или даже Мевлюк (от арабского «маулюк» — «раб», «слуга»). Но последняя версия менее вероятна: в фамилии Мефоков нет характерного для арабизмов звука «в» на стыке. Самый надёжный вариант — прозвище от тюркского «помятый», и это объясняет и простоту формы, и отсутствие фамилии в списках знати.