Фамилия Мегафринов — редкий случай, когда основа явно не русская, а оформление — типично русское. Суффикс -ов указывает на принадлежность: «чей?» — Мегафринов, то есть сын или потомок человека по прозвищу или имени Мегафрин. Но что такое «Мегафрин»? Здесь открывается простор для версий.

Первое, что приходит в голову — греческие корни. «Мега-» (μεγας) означает «большой», «великий». Вторая часть могла восходить к «френ» (φρην) — «ум», «разум», или к «фринос» (φρυνος) — «жаба». Сочетание «великий ум» звучит как прозвище философа или книжника, а «большая жаба» — типичное деревенское прозвище по внешности или поведению. В русских говорах греческие заимствования встречались через церковную или учебную среду, но фамилия могла возникнуть и в среде духовенства: семинаристы нередко получали фамилии из греческого или латыни, иногда с ироническим оттенком.

Второй вариант — искусственное происхождение. В XIX веке при переписи населения или в канцеляриях могли образовать фамилию от искажённого иностранного слова или от фамилии помещика. Например, если владелец земель носил фамилию Мегафри (редкая греческая или итальянская форма), его крестьяне автоматически становились Мегафриновыми. Такое случалось: от «барин Мегафри» — «крестьянин Мегафринов».

Третья, менее вероятная версия — связь с названием местности. В некоторых регионах бытовали топонимы вроде Мегафрино (гипотетическое село), но документальных подтверждений нет. Фамилия не фиксируется в массовых справочниках, таких как словарь Унбегауна, и не имеет выраженной географической привязки — это говорит о её редкости и, возможно, позднем возникновении.

Единственное, что можно сказать с уверенностью: носитель фамилии Мегафринов — потомок человека, которого в быту или в официальной бумаге назвали Мегафрином. Кем он был — сельским острословом, семинаристом с греческим прозвищем или крепостным, записанным на слух, — без архивных изысканий не установить. Но сама фамилия — живой пример того, как чужеземное слово прижилось на русской почве, обросло суффиксом и стало фамилией.