Фамилия Мегелайтис — верный признак литовского происхождения. Окончание -айтис (-aitis) в литовской антропонимии — один из самых распространённых патронимических суффиксов, указывающих на сына или потомка. Если убрать суффикс, остаётся основа Мегелас. Это, скорее всего, прозвище, а не христианское имя. В литовском языке слово megela (или magela) имело значение «сварливый человек», «ворчун» или «задира». Соответственно, Мегелайтис — «сын Ворчуна» или «потомок Задиры». Прозвища с таким значением давали людям с неуживчивым или вспыльчивым характером, и они нередко закреплялись в качестве фамилий.

Фамилия эта — типичный пример литовской модели образования фамилий на -айтис, которая в XIX веке активно вытеснялась русифицированными формами на -ов и -ин. Если бы фамилия осталась в Российской империи без изменений, её могли бы переделать в Мегелов или Мегелаев. Сохранение оригинального литовского окончания говорит о том, что носители фамилии либо оставались на территории современной Литвы, либо эмигрировали после того, как фамилия уже была записана в документах.

Встречается эта фамилия в основном среди литовцев, а также в среде литовской диаспоры. В России и Беларуси её можно найти в единичных случаях, чаще всего у потомков переселенцев из Литвы. Никакой связи с древними титулами или знатным происхождением здесь нет — основа прозвища бытовая, даже сниженная. Это не мешает фамилии быть точным маркером литовского корня, причём такого, который не затёрли русификацией.