Фамилия Мегрели — редкий случай, когда географическое название стало родовым именем почти без изменений. В основе лежит этноним «мегрел» — так называют народ, населяющий историческую область Мегрелия на западе Грузии (регион Самегрело). Человек, получивший такую фамилию, скорее всего, был мегрелом по происхождению или происходил из тех краёв. В русской среде подобные фамилии часто давали выходцам с Кавказа при переписях или зачислении в казачьи войска — так метили «чужака» по родной земле.

Словообразовательная модель здесь минималистична: фамилия совпадает с самоназванием народа. В русском языке она склоняется как существительное общего рода (Мегрели, Мегрели, Мегрели), что указывает на её позднее заимствование и отсутствие типичных славянских суффиксов -ов, -ин или -ский. Такая форма (чистая основа без окончания) характерна для фамилий, которые вписали в документы уже в XIX–XX веках, когда фиксация шла по живому произношению, а не по шаблону.

Интересно, что в самой Грузии фамилии мегрелов часто оканчиваются на -иа, -уа или -дзе (например, Шенгелия, Чхеидзе). Форма «Мегрели» в качестве фамилии — это уже русская или советская адаптация: её могли дать при записи в метрики, отбросив грузинский патронимический суффикс. Поэтому носитель фамилии Мегрели с высокой вероятностью — потомок мегрельских крестьян или ремесленников, переселившихся в русскоязычную среду, либо человек, чью фамилию «обрусели» при паспортизации в 1930-е годы.

Встречается фамилия редко, в основном на юге России и в Краснодарском крае, где исторически были сильны черноморские казачьи связи с Закавказьем. Поиск по базам данных показывает единичные случаи, что подтверждает: перед нами не массовая фамилия, а локальный маркер происхождения, сохранившийся у нескольких семей. Других версий — от тюркских корней или от названий ремесла — у этой фамилии нет, и придумывать их не стоит: этническое происхождение здесь очевидно и подтверждается структурой слова.