Фамилия Мекеня — редкий случай, когда написание почти полностью совпадает с исходным прозвищем. В ней нет типичных фамильных суффиксов -ов, -ин или -ский, поэтому она попала в список так называемых «нестандартных» или «усечённых» фамилий, которые закрепились в документах в форме имени или прозвища. Это значит, что предок Мекени, скорее всего, был записан в переписи или ревизской сказке просто по своему уличному или бытовому прозвищу — Мекеня, без добавления отчества в фамильной форме.

Корень фамилии тёмный и допускает несколько толкований. Самое вероятное: Мекеня — вариант диалектного слова «мекень» или «мекена», которое в некоторых южнорусских и украинских говорах означало «мякиш», «нечто мягкое и вялое». Прозвище могли дать медлительному, флегматичному человеку, либо, наоборот, с иронией — неуклюжему и неповоротливому. Менее убедительна версия о связи с тюркским «мекен» (жильё, стойбище) — в этом случае фамилия могла бы указывать на оседлого или пришлого человека, но для русской ономастики такая основа нетипична.

Географически фамилия Мекеня встречается крайне редко, в основном на западе и юге России, а также в Беларуси и на Украине. Это подтверждает её возможное происхождение из западнорусских или малороссийских говоров, где слово «мекеня» могло бытовать в значении «размазня» или «тюфяк». Социальный контекст прост: носитель фамилии — выходец из крестьянской или мещанской среды, где прозвища часто фиксировали внешние или поведенческие черты, а не профессию.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Мекенев, Мекенин — то видно, что Мекеня стоит особняком. В фамилиях с суффиксами основа обычно успела обрасти типичным окончанием, а Мекеня сохранила архаичную бессуффиксную форму. Это может говорить о том, что фамилия закрепилась поздно, в XIX веке, когда канцелярии нередко записывали прозвище без изменений.