Фамилия Микеня — редкий пример, где основа не скрывается за суффиксами, а стоит в чистом виде. В ней нет типичных для русских фамилий окончаний -ов, -ин или -ский. Это указывает на то, что перед нами скорее всего украинская или белорусская фамилия, записанная в форме прозвища или имени без дополнительного оформления.

Корень «Микен-» восходит к разговорной форме имени Никита. В южнорусских, украинских и белорусских говорах имя Никита часто произносили как Микита (с мягким «и»), а уменьшительно-ласкательные варианты звучали как Микеня, Миконя. Таким образом, Микеня — это форма имени, которая со временем закрепилась за человеком и стала фамилией. Аналогичным образом появились фамилии Микитенко, Микитюк, Микишин.

Вторая, менее вероятная версия, связывает фамилию с польским словом «mikota» (заика) или с литовским корнем «mik-» (маленький, мелкий). Однако в контексте восточнославянской ономастики объяснение через имя Никита гораздо убедительнее: оно подтверждается массовостью подобных форм (Микитко, Микеша, Микула) и географией фамилии, которая встречается в основном на западе Украины и в Беларуси.

Фамилия Микеня не склоняется по падежам, как и все фамилии на -я с ударением на последний слог. Носители этой фамилии, вероятно, происходят из крестьянской или казачьей среды, где прозвища по имени были обычной практикой. Социальный статус предка — простой человек, которого в быту звали Микеней, и это прозвище стало родовым именем.