Фамилия Микеничев — редкая, и её разбор стоит начать с суффикса. Формант -ев указывает на притяжательное значение: такую фамилию в XV–XVII веках получали по имени или прозвищу отца. Основа здесь — Микенич, то есть «сын Микени». Само имя Микеня — это разговорная, обиходная форма крестильного имени Никита, которая возникла в северных и центральных говорах. Переход начального «Ни» в «Ми» — явление нередкое для русской диалектной фонетики: так Никита превращался в Микиту, а уменьшительное Микеня было естественным шагом. В документах встречаются параллельные фамилии Микиничев, Микитенков, Микитин — все они восходят к тому же корню.

Географически фамилия Микеничев тяготеет к северо-востоку европейской части России. По данным современных переписей, большинство носителей живёт в Кировской области и Пермском крае — регионах, куда в XVII–XVIII веках активно переселялись крестьяне и посадские люди из Поморья и Вятки. В этих местах форма Микеня как вариант имени Никита была особенно употребительна. Если ваш предок носил фамилию Микеничев, он, скорее всего, происходил из среды государственных или монастырских крестьян, реже — из служилых людей по прибору.

Словообразовательная модель проста: от личного имени Микеня через отчество Микенич (сын Микени) к фамилии Микеничев. Суффикс -ич в отчестве указывает на прямое родство, а -ев закрепил это значение уже как наследственное. Фамилия не имеет отношения к географическим названиям или профессиям — она чисто патронимическая, что типично для основной массы русских фамилий. Спорных версий здесь нет: все варианты сходятся к Никите.

Написание с буквой «е» после «ч» — исторически закономерное. В старых документах могли писать Микеничевъ, Микиничев, но современный вариант закрепился как наиболее частотный. Поскольку фамилия редкая, в дореволюционных справочниках и дворянских родословных книгах она не упоминается — это верный признак крестьянского или мещанского происхождения.