Фамилия Микеничева — женская форма фамилии Микеничев, и её разбор стоит начать с суффикса. В отличие от массовых -ов/-ев или -ин, здесь мы видим редкий патронимический суффикс -ичев. Он указывает на происхождение от отчества: Микеничев буквально значит «сын Микенича». А Микенич, в свою очередь, — это отчество от имени или прозвища Микена.

Самая вероятная основа — Микеня. Это уменьшительная или обиходная форма крестильного имени Никита (в просторечии — Микита, отсюда Микеня). В русских говорах имя Никита часто «мяли»: Никитка, Микитка, Микеня. Чередование начального «Н» и «М» в народной речи — обычное дело (сравните: Никифор — Микифор). Так что ваш предок по мужской линии, скорее всего, носил имя Никита, а в быту его звали Микеней.

Менее вероятная, но возможная версия — прозвище Микеня от диалектного «микать» (понимать, смекать) или «микитить» (соображать). В этом случае Микеней могли прозвать сметливого, догадливого человека. Однако для фамилий на -ичев типичнее именно именная, а не прозвищная основа.

Географически фамилия привязана к северным и центральным областям России, где суффикс -ичев встречается чаще, чем на юге: это бывшие Новгородские земли, Вологодчина, Костромская область. Там отчества на -ич (а не на -ов сын) дольше держались в быту.

Социальный контекст: фамилии на -ичев обычно принадлежали не знати, а крестьянам или посадским людям. В отличие от дворянских фамилий на -ич (как Голицын-Голицын — там другая модель), вариант Микеничев — «народный», образованный прямо от обиходного имени без книжных украшений. Это фамилия человека, которого в деревне знали как «Микеничев сын», то есть сын Микени.

Редкость суффикса делает фамилию заметной: в русском ономастиконе она стоит в одном ряду с такими же «штучными» фамилиями, как Кузмичев, Фомичев, Савичев — все они образованы не от полного имени, а от его просторечной формы с отчеством на -ич.