Фамилия Микенины образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой послужило церковное имя Никифор, а точнее — его уменьшительная форма Микеня. Такое «сжатие» длинного имени до короткого домашнего прозвища — обычное дело в русской традиции: Никифор в быту превращался в Микеню, а уже от этой формы позже закрепилась фамилия. Само имя Никифор в переводе с древнегреческого означает «победоносец», так что дальний предок Микениных носил имя с гордой семантикой.

Святым покровителем имени считают мученика Никифора из Антиохии Сирийской. История его жизни необычна и поучительна. В том же городе жил пресвитер Саприкий, с которым Никифор был так дружен, что их считали за родных братьев. Из-за происков врагов они поссорились, и прежнюю любовь сменила вражда. Через некоторое время Никифор пришел в себя, раскаялся и не раз просил прощения через друзей, но Саприкий не хотел прощать. Тогда Никифор сам пришел к бывшему другу и горячо просил простить его, но тот остался неумолим.

В это время императоры Валериан и Галлиен начали гонение на христиан, и одним из первых предстал пред судом пресвитер Саприкий. Он твердо исповедал себя христианином, претерпел истязания и был приговорен к смерти через усечение мечом. Когда его вели на казнь, Никифор со слезами умолял о прощении, называя его святым мучеником, который скоро предстанет перед Господом. Но Саприкий ожесточился сердцем и даже перед смертью не захотел простить брата-христианина. За это Господь удалил от него благодать, укреплявшую его во время мучений, и он, уже почти достигнув блаженного конца, вдруг устрашился смерти и согласился принести жертву идолам. Напрасно Никифор уговаривал его не губить себя отречением. Тогда святой Никифор сказал палачам: «Я христианин и верую в Господа нашего Иисуса Христа, от Которого отвергся Саприкий», — и принял казнь вместо него.

Таким образом, потомок человека по имени Микеня со временем получил фамилию Микенин. Формант -ин указывает на принадлежность: Микенин означает «сын Микени», «из рода Микени». Это типичная притяжательная модель, которая закрепилась в русских фамилиях к XVII–XVIII векам. О точном месте и времени возникновения фамилии говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был длительным и неравномерным в разных регионах. Однако можно предположить, что фамилия бытовала в центральных и северных русских землях, где уменьшительные формы имен чаще ложились в основу семейных прозваний.