Фамилия Микенькин — редкий пример, где суффикс -ин наложился не на имя, а на прозвище или уменьшительную форму, образованную через суффикс -еньк-. Основа здесь — Микенька, а это, в свою очередь, ласкательный вариант от имени Мика. В русской ономастике Мика — сокращение от Михаил (реже — от Дмитрий, если следовать народной переделке «Митя» в «Мика»). Таким образом, Микенькин буквально означает «сын Микеньки» или «потомок того, кого звали Микенькой».

Словообразовательная цепочка выглядит так: Михаил → Мика (домашняя форма) → Микенька (уменьшительно-ласкательный вариант с суффиксом -еньк-) → Микенькин. Суффикс -ин в русских фамилиях указывает на принадлежность: чей? — Микенькин. Такая модель типична для северных и центральных регионов России, где притяжательные фамилии на -ин особенно распространены.

Интересно, что фамилия Микенькин почти не встречается в официальных ревизских сказках XVIII–XIX веков — это говорит о её локальном бытовании, возможно, в пределах одной волости или даже одного села. В отличие от более частых Микиных или Микитиных, форма с -еньк- указывает на особую нежность или молодость прозвища: так могли называть младшего сына в семье или подростка. Предки носителя фамилии, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми, получившими фамилию по отцу или деду, которого в обиходе звали Микенька.

Спорных версий здесь немного. Иногда Микенькин ошибочно связывают с корнем «миг» или «мигать», но это натяжка: суффикс -еньк- в русских фамилиях почти всегда указывает на личное имя, а не на действие. Более правдоподобно, что фамилия могла возникнуть и от канонического имени Никита через форму Микита (южнорусское произношение), но тогда ожидалось бы Микитенькин, а не Микенькин. Так что версия с Михаилом остаётся основной.