Фамилия Микейкин — один из тех случаев, когда за привычным русским суффиксом -ин скрывается неканоническая, редкая основа. В отличие от большинства фамилий на -ин, образованных от имён на -а/-я (Иван — Иванов, но Илья — Ильин), здесь мы имеем дело с усечённой формой крестильного имени.

В основе фамилии лежит имя Микейка — просторечная, обиходная форма от канонического имени Никита. В русской народной среде имя Никита часто переделывалось в Микиту, а уменьшительная форма звучала как Микейка или Микей. Появление начального «М» вместо «Н» — результат ассимиляции и народной этимологии: сочетание «ни» в безударном положении в некоторых говорах переходило в «ми». Отсюда же и другие фамилии того же корня: Микитин, Микитов, Микешин. Микейкин стоит в этом ряду особняком из-за редкого суффикса —ейк- вместо более распространённого —ит- или —их-.

Суффикс —ин указывает на принадлежность: Микейкин буквально означает «сын Микейки» или «человек из семьи Микейки». Такая модель была типична для северных и центральных регионов России, где фамилии на -ин активно вытесняли патронимы на -ов/-ев. В южных и западных землях подобные формы встречались реже, поэтому можно предположить, что корни фамилии — в районах Новгородской, Вологодской или Костромской губерний.

Социальный контекст фамилии — крестьянский или мещанский. Микейкины вряд ли принадлежали к дворянству: фамилии, образованные от уменьшительных форм имён, редко закреплялись за высшими сословиями, где предпочитали полные формы (Никитин, Никифоров). Чаще всего такой фамилией награждали в среде, где человека называли по домашнему, внутрисемейному прозвищу.

Есть и альтернативная, менее вероятная версия: от прозвища Микейка, которое могло быть связано с глаголом «микать» (в некоторых говорах — «мямлить», «говорить невнятно»). Но эта гипотеза слабая, так как глагол редок и не дал массовых фамилий, а имя Никита в народной форме встречалось повсеместно. Поэтому основная версия — патроним от имени Микейка — остаётся единственной убедительной.

В современных справочниках фамилия Микейкин не относится к числу распространённых. Она встречается точечно, в основном в Центральной России и Поволжье, что подтверждает её локальное происхождение от конкретного прозвища или родоначальника.