Фамилия Мекеровы — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет привычного суффикса -ов, который обычно присоединяется к основе на согласный: Мекеров — это скорее исключение, чем правило, и именно эта особенность даёт ключ к разгадке.

Скорее всего, основа фамилии — тюркское или арабское имя Мекер (вариант Макар, Макер). В тюркских языках «мекер» может означать «хитрость», «уловка», но в составе личных имён это слово часто имело охранительный смысл: так называли ребёнка, чтобы отвести от него сглаз или злые силы. Суффикс -ов в данном случае присоединился не к корню, а к полной форме имени: Мекер + ов. Такая модель встречается в фамилиях, образованных от имён, оканчивающихся на -ер, -ир (ср. Кучеров, Кантемиров). Таким образом, Мекеровы — это буквально «дети Мекера», потомки человека по имени Мекер.

Вторая версия, менее вероятная, связывает фамилию с географическим названием. В Поволжье и на Урале встречаются топонимы с корнем «мекер» (например, речка Мекерка). В этом случае фамилия могла возникнуть у переселенца, который указал в документах своё прежнее место жительства: «Мекеров» — выходец с Мекерки. Однако для этого нужна была бы более широкая топонимическая традиция, которой в открытых источниках не обнаруживается.

Сословная принадлежность Мекеровых, скорее всего, крестьянская или мещанская. Фамилия не встречается среди столбового дворянства, а её тюркская основа указывает на среду, где было распространено двуязычие: южные губернии России, регионы Средней Азии или Кавказа. В метрических книгах XIX века Мекеровы фиксируются в основном в Астраханской и Оренбургской губерниях, что подтверждает связь с тюркоязычным населением.

Однокоренных фамилий в русском ономастиконе немного: Мекер, Мекеровский, Мекеркеев. Все они редки и не образуют плотных гнёзд. Это говорит о том, что фамилия Мекеровы не была массовой и, вероятно, возникла в одном конкретном роду, а затем распространилась с потомками.