Фамилия Мекерин — редкая и непростая для этимологического разбора. В ней нет прозрачного корня вроде «кузнец» или «попов», поэтому её происхождение приходится восстанавливать по косвенным признакам, прежде всего — по суффиксу и возможной географической привязке.

Суффикс -ин указывает на притяжательную модель: «чей?» — Мекерин. Значит, в основе лежало личное имя или прозвище Мекера. Что могло значить это слово? Наиболее вероятная версия ведёт к тюркским языкам, где корень «мекер» (или «мәкер») означает «хитрость», «коварство», «уловка». В татарском, башкирском и казахском языках «мәкер» — это злой умысел или лукавство. Прозвище Мекера могли дать человеку с непростым, изворотливым характером — не обязательно в осуждение, скорее как меткую бытовую характеристику. В русской среде, особенно на юго-востоке (в Поволжье, на Урале, в Оренбуржье), такие прозвища из тюркской лексики не редкость.

Вторая версия, менее убедительная, связывает фамилию с греческим именем Мелетий (в просторечии Мелетий могло сократиться до Мекер). Но для этого нужно допустить цепочку фонетических изменений, которая не подтверждается устойчивыми диалектными формами. К тому же греческие имена в крестьянской среде встречались реже, чем тюркские заимствования в пограничных регионах.

География фамилии тоже говорит в пользу тюркской версии. Мекерины встречаются в Башкортостане, Татарстане, Самарской и Оренбургской областях — там, где веками жили рядом русские и тюркские народы. Возможно, предок носителя фамилии был русским, получившим прозвище от соседей-татар или башкир, либо крещёным татарином, чья фамилия сохранила тюркскую основу.

Словообразовательная модель проста: к основе Мекер- добавили типичный русский суффикс -ин. Фамилия могла оформиться в XVII–XVIII веках, когда активно шёл процесс закрепления прозвищ в качестве наследственных. Сословная принадлежность Мекериных, скорее всего, крестьянская или мещанская: фамилия не встречается в дворянских родословных книгах и не имеет аристократических примет вроде приставки «фон» или суффикса -ский.

Другие однокоренные фамилии (Мекеров, Мекер) встречаются ещё реже, что подтверждает: Мекерин — не массовая, а локальная фамилия, возникшая в узком кругу носителей одного прозвища.