Фамилия Макерин — редкий случай, когда в основе почти наверняка лежит не славянское, а западное имя или прозвище. Если отбросить суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Макеры), остаётся корень Макер-. В русском языке такого слова нет, зато в западноевропейской ономастике оно встречается: фамилия Maker или Macher (немецкое, голландское, английское). В немецком der Macher — «делатель», «устроитель», «предприимчивый человек», часто с оттенком «ловкач» или «заправила». В английском maker — «создатель», «ремесленник». Фамилию могли принести в Россию иностранные специалисты, которых приглашали при Петре I и позже, или переселенцы из немецких колоний.

Версия славянского происхождения выглядит слабее. Можно было бы предположить, что Макера — вариант имени Макар (от греческого «макариос» — блаженный) через диалектное «Макара» → «Макера». Но тогда логичнее было бы увидеть фамилию Макарин или Макаров. Форма Макерин с твёрдым «э» — явный след иноязычного произношения. В некоторых говорах «Макера» могло быть прозвищем от глагола «макать» (например, любитель макать хлеб в квас), но это единичная версия без серьёзной опоры в источниках.

Географически фамилия тяготеет к югу России и Поволжью, где традиционно селились иностранные колонисты. Встречается она и у русских, и у украинцев, что подтверждает её неоднородное происхождение. Сословного барьера не было: «Макериными» могли стать и крестьяне, перенявшие фамилию от барина-иностранца, и сами мастера-ремесленники, осевшие в городах.

Таким образом, носитель фамилии Макерин с большой вероятностью ведёт род от человека, которого в округе называли «макер» — умелец, делец или просто деятельный человек. Фамилия сохранила в себе память о контактах русских земель с Западной Европой, а её редкость делает её особенно ценной для генеалогического поиска.