Фамилия Макеров — одна из тех, где прозвищная основа ставит перед исследователем больше вопросов, чем дает ответов. В ее основе лежит прозвище Макер, а фамилия образована по стандартной патронимической модели с суффиксом -ов, то есть буквально «сын (или потомок) Макера».

Самая вероятная версия связывает это прозвище с румынским языком. Глагол macera означает «вымачивать», «мочить». В старину с вымачиванием было связано множество ремесел: обработка кожи (кожевники вымачивали шкуры в известковом растворе), изготовление льняного полотна (стебли льна вымачивали в воде для отделения волокон), мочение яблок или капусты. Прозвище Макер мог получить человек, занятый в любом из этих производств. К сожалению, точно определить конкретное занятие основателя рода невозможно — слишком широк был круг «мокрых» профессий.

Важно обратить внимание на необычность модели: прозвище Макер не является типичным для русской ономастики. В русских говорах слово «макер» не фиксируется. Это косвенно подтверждает иноязычное происхождение — скорее всего, прозвище появилось в зоне контакта славянского и романского населения, например, на юго-западных рубежах России или на территории бывшей Бессарабии. Фамилия Макеров встречается редко, что тоже говорит о её локальном, возможно, очаговом происхождении.

Стоит отметить, что ударение в фамилии обычно падает на первый слог — Ма́керов, что соответствует ударению в предполагаемом исходном румынском слове. Со временем, как и многие прозвищные фамилии, она закрепилась за потомками того самого ремесленника, который когда-то получил своё прозвище за работу, связанную с водой и вымачиванием.