Фамилия Мехер — редкий пример, когда основа слова не даёт однозначной подсказки. В русском языке нет корня «мехер-» со значением, которое сразу объяснило бы прозвище. Поэтому здесь приходится выбирать между несколькими версиями, и самая правдоподобная — географическая.

Фамилия могла возникнуть у выходцев из немецких земель. В немецком языке «Meher» — это вариант фамилии Меер (Meer, «море») или диалектное произношение имени Майер (Mayer, «управляющий, арендатор»). Немецкие фамилии на -ер часто обозначали профессию или место жительства. Если предок был переселенцем из Германии (например, из числа колонистов, приглашённых в Россию при Екатерине II), его фамилию могли записать на слух как Мехер, без учёта оригинального написания.

Вторая версия — тюркская. В татарском и башкирском языках есть слово «мәхәр» (махр, мехер) — «калым, выкуп за невесту». Прозвище Мехер могли дать человеку, который брал большой калым или, наоборот, был щедрым женихом. Однако эта версия менее вероятна: фамилии от подобных понятий в тюркской среде встречаются редко, а суффикс -ер для русских фамилий нетипичен.

Третья возможность — искажение при переписи. Фамилию Мехер могли получить носители фамилии Мехряков (от прозвища Мехряк — «мешковатый, неуклюжий») или Мехов (от слова «мех»). Но в таком случае логичнее было бы ожидать окончание -ов, а не -ер.

Суффикс -ер в русских фамилиях почти не встречается. Для исконно русских прозвищ характерны -ов, -ин, -ский. Появление -ер указывает либо на иноязычное происхождение (немецкое, еврейское), либо на то, что фамилию записывали в западных губерниях Российской империи, где была сильна польская и немецкая традиция.

Таким образом, скорее всего, Мехер — это русифицированная немецкая фамилия. Предки носителя могли быть управляющими имением (Майер) или жителями побережья (Меер). Если же фамилия встречается в Поволжье или на Урале, стоит проверить тюркский след, но он менее надёжен.