Фамилия Мехнатов — редкий случай, когда в основе лежит не профессия и не имя, а, скорее всего, прозвище, связанное с характером или внешностью. Разбирать её логичнее с конца: суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель (чей? — сын Мехната). А вот с корнем «мехнат» всё не так очевидно.

Самая прямая версия отсылает к диалектному слову «мехнатый» — то есть мохнатый, косматый, лохматый. В южнорусских говорах, особенно в рязанской и тамбовской областях, так говорили о человеке с густыми, торчащими волосами или о том, кто носит меховую одежду, неопрятен. Прозвище Мехнат могли дать ребёнку за пушистые волосы или взрослому за привычку ходить в лохмотьях, в «мехнах» — старой, истрёпанной одежде. В этом случае фамилия — из разряда «охранительных» или описательных, как Лохматов или Кудрявцев.

Есть и более прозаичная версия: от слова «мех» в значении «кожаный мешок» или «кузнечные мехи». Тогда Мехнат — не просто прозвище, а профессиональное. Так могли называть мастера, который шил мехи для кузниц или бурдюки для жидкостей. Однако эта версия менее вероятна: в русском языке форма «мехнат» для обозначения мастера нехарактерна, обычно говорили «меховщик» или «мешочник». Прозвищная форма «Мехнат» скорее бы закрепилась за человеком, который что-то «мехнатит» — мнёт, делает мягким (от глагола «мехнатить»), но и это слово узкорегиональное.

Третий, совсем редкий вариант — искажённое тюркское имя или прозвище. В татарском и башкирском языках есть корень «мехнәт» (от арабского «михна»), означающий «труд», «тягота», «мучение». В этом случае Мехнатов могло быть русифицированной формой татарской фамилии, где исходное прозвище дали человеку, который много работал или перенёс тяжёлую судьбу. Но это лишь гипотеза: фамилия не зафиксирована в классических ономастических словарях тюркских народов как распространённая.

Географически фамилия встречается точечно, в основном в центральных областях России и в Поволжье. В дореволюционных списках Мехнатовы не принадлежали к дворянству — это крестьянская или мещанская фамилия, что подтверждает её бытовое, прозвищное происхождение.