Фамилия Мекотникова — женская форма, а её основа, мужская фамилия Мекотников, образована от прозвища или названия профессии. Сразу скажем: корень здесь неочевидный, и это как раз тот случай, когда без диалектной лексики не обойтись.

Слово «мекотник» в русских говорах имеет конкретное значение. В вятских и пермских диалектах «мекоть» — это мякина, то есть отходы при обмолоте зерна: шелуха, полова, измельчённые стебли. Мекотником называли того, кто имел дело с мякиной — либо крестьянина, который её заготавливал на корм скоту, либо, что вероятнее, человека, торговавшего мякиной или использовавшего её в хозяйстве. Прозвище могло закрепиться за бедным хозяином, чей скот кормили не зерном, а дешёвыми отходами, или за тем, кто промышлял перепродажей такой «кормовой» продукции.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ник (указывает на лицо по роду занятий) и далее типовой патронимический суффикс -ов. Мекотников — буквально «сын Мекотника», то есть потомок человека, известного под этим прозвищем. Фамилия редкая, географически привязана в основном к северо-востоку европейской части России — Вятке, Пермскому краю, отчасти к Уралу. В центральных областях она почти не встречается, что косвенно подтверждает диалектное происхождение.

Есть и другая, менее убедительная версия: от тюркского мужского имени Мекот (вариант Мухаммед) с тем же суффиксом -ник. Но для фамилии с явно русским суффиксом -ов и отсутствием тюркских антропонимических следов у носителей эта гипотеза выглядит натянутой. Скорее всего, мы имеем дело с чисто русским прозвищем по хозяйственной детали.

В документах фамилия фиксируется с XIX века, в основном в крестьянской среде. Дворянских родов с такой фамилией не известно, что тоже говорит о её «низовой» профессиональной основе.