Фамилия Мякотникова — женская форма от Мякотников, и её разбор стоит начать с суффикса, который сразу выдаёт профессиональное происхождение. Суффикс -ник- в русских фамилиях почти всегда указывает на род занятий: бортник, сыромятник, огородник. Основа «мякоть» здесь не случайна — в старину мякотником называли мясника, но не простого, а того, кто разделывал туши и продавал мякоть, то есть чистое мясо без костей и жил. Такое прозвище могли дать и торговцу на рынке, и ремесленнику, который забивал скот. В словаре В. Даля слово «мякотник» зафиксировано именно в значении «мясник, торгующий мякотью», что делает версию с ремеслом основной.

Менее вероятная, но возможная версия — прозвище по характеру. В говорах «мякотный» иногда означало «мягкий, уступчивый, нерешительный». Тогда Мякотником могли назвать человека с покладистым нравом. Однако в русской ономастике прозвища, образованные от чисто качественных прилагательных с суффиксом -ник, встречаются реже, чем профессиональные. Скорее всего, предок носителя фамилии был именно мясником или торговцем мясом — занятие в доиндустриальной Руси распространённое и дававшее множество однотипных фамилий (Мясников, Телятников, Баранов).

Географически фамилия Мякотниковых встречается преимущественно в центральных и поволжских областях России — в старых переписных книгах XVII–XVIII веков её фиксировали в Рязанской, Тамбовской и Нижегородской губерниях. В этих краях мясной промысел был развит благодаря скотоводству, и прозвище легко закреплялось за целыми семьями. Интересно, что в некоторых регионах (например, на Урале) «мякотником» называли ещё и пекаря, который готовил хлеб из мягкого теста, но это значение было локальным и почти не отражено в фамилиях.

Форма Мякотникова — притяжательное прилагательное, отвечающее на вопрос «чья?». В крестьянской среде женщину так называли по мужу: «Мякотникова жена» или «Мякотникова дочь». Со временем это превратилось в наследственную фамилию, утратив прямую связь с профессией. Сегодня носительницы фамилии могут и не подозревать, что их предки, скорее всего, держали нож и весы на базарной площади.