Фамилия Мякотных звучит непривычно для уха, привыкшего к стандартным «-ов» и «-ин», и это не случайно. Перед нами яркий пример северорусской модели образования фамилий с помощью суффикса «-ых», который указывает на принадлежность к семье или роду. Если «Мякотнов» — это «сын Мякотного», то «Мякотных» — это «из семьи Мякотных». Такая форма отвечала на вопрос «чьих будете?» и была широко распространена в Архангельской, Вологодской и Вятской губерниях, а также в Сибири, куда переселенцы уносили этот говор.

Основа фамилии — прозвище Мягкий или Мягкой, которое на Руси встречалось довольно часто. Степан Веселовский в своем фундаментальном труде по ономастике упоминает новгородского воеводу Якова Андреевича Вельяминова по прозвищу Мягкий. Это ценное свидетельство: прозвище бытовало в среде служилых людей уже в XV–XVI веках, а значит, имело хождение задолго до того, как закрепилось в фамилии.

Скорее всего, прозвище содержало указание либо на внешность (пухлый, полный человек), либо на особенности характера (добрый, уступчивый, незлобивый). Второе значение даже более вероятно: в народной традиции «мягким» называли человека покладистого, с которым легко договориться. Менее правдоподобна, но возможна связь с родом занятий — например, с обработкой мягкого сырья, хотя для этого нет прямых свидетельств.

Фамилия Мякотных — редкий случай, когда сохранилась не только основа, но и архаичная падежная форма. В современных документах она часто «выравнивается» до Мякотников или Мякотновых, но исходный вариант продолжает жить, особенно на Русском Севере. Носители фамилии могут считать своим предком человека, которого окружающие за мягкий нрав или дородную фигуру прозвали Мягким, а уже его дети и внуки стали писаться Мякотными, а затем и Мякотных.