Фамилия Мякотин образована от прозвища Мякота, и в этом имени скрыто сразу несколько возможных историй предков. Самое конкретное объяснение ведет в самарские и саратовские говоры, где «мякотой» называли паханую землю или поле, с которого уже снят один хлеб. Если следовать этой версии, то прозвище Мякота получал крестьянин, владевший таким «мякотным» полем, и тогда фамилия указывает на род занятий и на земельный надел основателя рода.

Есть и другой, ремесленный след. Не исключено, что Мякотой звали человека, занимавшегося выделкой кож — в этом случае прозвище тоже относилось бы к числу «профессиональных» именований. Наконец, самая простая версия выводит прозвище напрямую от прилагательного «мягкий»: так могли назвать человека по характеру, за мягкость и уступчивость.

Исторические документы подтверждают древность прозвища. В труде С. Б. Веселовского упоминаются Иван Мякота Прасолов, 1500 год, Новгород; Мякотовы, своеземцы, 1564 год, Обонежская пятина; а также Григорий Мякотин, посадский человек, 1625 год, Зарайск. Эти записи показывают, что прозвище бытовало в разных слоях общества: среди прасолов, то есть торговцев скотом, среди своеземцев — мелких землевладельцев, и среди посадских людей. Потомок человека по прозвищу Мякота со временем получал фамилию Мякотин, которая закрепилась за его родом.

Из всех версий наиболее правдоподобной выглядит связь с землей и полеводством: она подкреплена диалектным значением слова и тем, что в документах XVI–XVII веков Мякотины встречаются среди землевладельцев и крестьянского люда. Версия о выделке кож остается возможной, но менее доказанной, а объяснение от «мягкого» характера — самым простым и, вероятно, самым поздним по происхождению.