Фамилия Мякоткина — женская форма фамилии Мякоткин, и её разбор стоит начать не с корня, а с суффикса. Суффикс -ин указывает на принадлежность: такую фамилию давали по отцу или главе семьи, чьё прозвище или имя оканчивалось на -а или -я. В основе лежит прозвище Мякотка. Что оно означало — вопрос, в котором кроется главный интерес.

Самое прямое объяснение отсылает к слову «мякоть». Мякоткой в русских говорах называли не только мягкую часть плода, но и, например, размякший хлеб, кашу, а в переносном смысле — человека вялого, нерешительного, «мягкого». В северных и центральных областях это слово могло звучать иронично: Мякоткой дразнили того, кто не мог постоять за себя. Но есть и другая версия, менее очевидная. В некоторых диалектах «мякотка» — это деталь прялки или ткацкого станка, небольшой деревянный валик. Тогда прозвище могло закрепиться за ремесленником, который делал такие детали, или за ткачихой.

Спор между версиями решается в пользу прозвища по характеру: фамилии на -ин от бытовых прозвищ встречаются гораздо чаще, чем от названий инструментов. К тому же в документах XVII–XVIII веков встречаются крестьяне с фамилией Мякоткин, и ничто не указывает на их связь с ткачеством. Однако полностью исключать ремесленную версию нельзя — в ономастике такие случаи известны, хоть и редки.

Фамилия Мякоткина не относится к числу широко распространённых. Её географический след — преимущественно центральная Россия: Владимирская, Нижегородская, Костромская области. В этих краях слово «мякотка» бытовало в обоих значениях, так что предки носительницы фамилии могли быть и крестьянами с метким прозвищем, и мастерами по дереву. Сословная принадлежность, скорее всего, крестьянская или мещанская: фамилии с суффиксом -ин в этой среде давали именно по личному прозвищу, а не по роду занятий.

Однокоренные фамилии — Мякотин, Мякотников, Мякотный. Они образованы от тех же основ, но с разными суффиксами, что указывает на разные модели именования в разных семьях. Мякоткина стоит в этом ряду особняком именно из-за суффикса -к-, который придаёт прозвищу уменьшительно-пренебрежительный оттенок: Мякотка — это не просто «мягкий», а «мягковатый, совсем размякший». Такая деталь делает фамилию не просто бытовой, а выразительно-оценочной, что редко встречается в современных русских фамилиях.