Фамилия Макоткина — одна из тех, где за простым звучанием скрывается сразу несколько версий происхождения. В основе почти всех вариантов лежит слово «мак», но прозвище Макотка могли дать по разным причинам.

Самая прямая версия — профессиональная. Макоткой называли крестьянина, который сеял мак, выращивал его на продажу или торговал маковыми пирогами. В русских деревнях мак был распространённой культурой, и прозвище по роду занятий закреплялось за человеком прочно.

Вторая версия — по внешности или характеру. Слово «маковка» означает макушку головы. Отсюда Макотка — прозвище умного, башковитого человека, того, кто «с маковкой», то есть с головой. Такое прозвище могло даваться как с уважением, так и с иронией.

Третья версия отсылает к предмету домашнего обихода. «Макотра» — это большой глиняный горшок, в котором тёрли мак, табак или другие сыпучие продукты. Если человек имел отношение к изготовлению или продаже такой посуды — его могли прозвать по этому слову. Форма «Макотка» могла возникнуть как уменьшительная.

Фамилия образована по стандартной русской модели: прозвище Макотка + суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — Макоткин). Окончание -а говорит о женской линии или о форме женской фамилии.

Спор между версиями решается в пользу профессионального прозвища: в крестьянской среде прозвища по занятиям встречались чаще, чем по абстрактным качествам. Однако без точных записей о конкретном роде исключать «макушечную» версию нельзя — обе имеют право на существование.

Фамилия редкая, географически привязана к центральным и южным регионам России, где мак сеяли чаще. Встречается и в украинских говорах, где слово «макітра» (макотра) — обычное название горшка. Это делает фамилию пограничной: её носители могли жить на стыке русских и украинских земель.