Фамилия Мякоткин образована от личного прозвища Мякотка — так в старину называли человека, чей род занятий или образ жизни был связан с чем-то мягким, рыхлым или унавоженным. В самарских и саратовских говорах словом «мякота» называли паханую землю, поле, с которого уже снят один хлеб. Отсюда первая версия: Мякоткой могли прозвать крестьянина, владевшего таким мякотным полем, то есть землёй, уже бывшей в обработке и потому более рыхлой и податливой. Это именование попадает в разряд «профессиональных» прозвищ, которые указывали на род занятий человека.

Вторая версия отталкивается от того же корня, но уводит в другую сторону ремесла. Мякоткой могли называть и кожевника, занимавшегося выделкой кож: в обработке они становятся мягкими, и само слово «мякоть» в ремесленной среде имело отношение к размягчённому, подготовленному материалу. Эта гипотеза менее распространена, но тоже имеет право на существование, поскольку прозвища часто давались по тому, что человек делал руками.

Третья, самая простая версия — от прилагательного «мягкий». Так могли прозвать человека с покладистым, уступчивым характером, либо того, кто отличался мягкостью в общении. В пользу этой версии говорит то, что прозвища по характеру — один из самых частых источников русских фамилий.

Исторические документы подтверждают, что прозвище бытовало в разных землях. В актах упоминаются: Мякота Иван Прасолов, 1500 год, Новгород; Мякотовы, своеземцы, 1564 год, Обонежская пятина; Григорий Мякотин, посадский человек, 1625 год, Зарайск. Как видим, носители прозвища встречались и среди новгородских землевладельцев, и среди зарайских горожан — значит, оно не было привязано к одной местности или сословию.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Мякоткин — это «сын Мякотки». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ с конечным -а. О точном месте возникновения фамилии говорить сложно: фамилии формировались постепенно, на протяжении нескольких столетий, и одна и та же фамилия могла независимо появиться в разных регионах. Но в любом случае фамилия Мякоткин сохранила память о прозвище, которому не меньше пяти веков, и через него — о тех людях, что пахали землю, мяли кожи или просто были мягки нравом.