Фамилия Мякотина образована от прозвища Мякота, и чтобы понять её смысл, нужно разобраться, что вкладывали в это слово в старину. Версий несколько, и все они имеют право на существование.

Наиболее конкретное объяснение отсылает к самарским и саратовским говорам, где «мякотой» называли паханую землю или поле, с которого уже снят один хлеб. Если следовать этой логике, то Мякотой могли прозвать крестьянина, владевшего таким полем, — своего рода «профессиональное» именование по роду занятий. Впрочем, тут есть и другая, более ремесленная трактовка: не исключено, что прозвище давали человеку, занимавшемуся выделкой кож, — в этом деле тоже важна мягкость материала.

Третья версия проще и лежит на поверхности: Мякота — от прилагательного «мягкий». Так могли назвать человека покладистого, уступчивого, незлобивого нрава. Какая из версий правдоподобнее — сказать трудно, но все они показывают, что прозвище не было оскорбительным, а скорее описывало либо характер, либо занятие.

Исторические документы подтверждают древность этого именования. В труде С. Б. Веселовского упоминаются Иван Мякота Прасолов (1500 год, Новгород), а также Мякотовы-своеземцы (1564 год, Обонежская пятина) и Григорий Мякотин, посадский человек в Зарайске (1625 год). Эти записи разбросаны по разным землям — от Новгорода до Зарайска, — что говорит о довольно широком бытовании прозвища, а не о его узкой локальной привязке.

Словообразовательная модель здесь проста и типична для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность, то есть Мякотина буквально означает «дочь или жена Мякоты», а в более широком смысле — «из рода Мякоты». Фамилия закрепилась за потомками человека с таким прозвищем, и со временем, когда прозвища стали передаваться по наследству, превратилась в родовое имя.