Фамилия Мякотенко — яркий пример украинского типа фамилий с суффиксом -енко. Этот суффикс, один из самых распространённых на Левобережной Украине, изначально означал «маленький» или «сын такого-то». То есть Мякотенко — буквально «сын Мякоты» или «тот, кто относится к Мякоте». В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, которые часто указывали на принадлежность отцу-владельцу, -енко подчёркивало родство по прямой линии.

Основа фамилии — прозвище Мякота. В его основе лежит прилагательное «мягкий» или существительное «мякоть». Вероятнее всего, прозвище дали человеку с мягким, уступчивым характером, незлобивому и покладистому. В украинских говорах слово «м’якота» могло означать и нечто рыхлое, неплотное, что также могло стать основой для прозвища. Менее вероятна, но возможна связь с ремеслом: так могли прозвать того, кто работал с мягкими материалами — кожей, шерстью, или, например, пекаря, имевшего дело с мягким тестом.

География фамилии подтверждает её украинское происхождение. Мякотенко — фамилия, распространённая в основном в центральных и восточных областях Украины, особенно в Полтавской, Сумской, Черкасской и Харьковской. В России она встречается реже, обычно в южных регионах, граничащих с Украиной, или в среде потомков украинских переселенцев.

Словообразовательная модель здесь проста и прозрачна: усечение основы (Мякот- от «мякоть» или «м’якота») плюс патронимический суффикс -енко. Такие фамилии фиксировались в реестрах казацкой старшины и мещан уже в XVII–XVIII веках. В отличие от фамилий на -енко, образованных от крестильных имён (например, Иваненко — сын Ивана), Мякотенко происходит от прозвища, что указывает на то, что его первый носитель был заметен в своей общине именно личными качествами, а не именем отца.

Спорных версий у фамилии практически нет: корень очевиден, суффикс типичен. Единственный нюанс — возможная связь с диалектным словом «мякоть» в значении «мякиш хлеба», что могло дать прозвище любителю мягкого хлеба или тому, кто его пёк. Но эта версия уступает основной — по характеру, так как прозвища по внутренним качествам в украинской ономастике встречаются чаще, чем по гастрономическим пристрастиям.