Фамилия Мякота чаще всего звучит как прозвище, а не как наследственное имя. В её основе лежит прилагательное «мягкий», и, судя по всему, так в старину называли человека полного, пухлого, с мягкими чертами лица, либо, напротив, уступчивого и нерешительного — мягкотелого в переносном смысле. Слово «мякота» в русских говорах означало именно мякиш, нежную часть хлеба или плода, так что прозвище могло прилипнуть и к любителю поесть, и к человеку с «мягким» характером.

Степан Веселовский в своих ономастических работах приводит ранние упоминания этой фамилии. Среди них — Мякота Иван Прасолов, зафиксированный в Новгороде в 1500 году. Прасол — это скупщик скота или рыбы, разъездной торговец, что уже само по себе рисует живого и деятельного человека, а не тихого домоседа. Любопытно, что прозвище Мякота не помешало ему заниматься хлопотным ремеслом. Далее Веселовский упоминает Мякотовых, своеземцев, то есть мелких землевладельцев, в Обонежской пятине в 1564 году, и Григория Мякотина, посадского человека из Зарайска, в 1625 году.

Модель образования здесь простая и древняя: чистая основа без суффикса, что типично для прозвищ, которые позже переходили в фамилии без изменений. Рядом с ней стоят однокоренные фамилии Мякотов и Мякотин, образованные по более распространённым моделям с суффиксами -ов и -ин. Мякота же сохранила исходную форму, что делает её более архаичной и ценной для историка: она словно застыла в том виде, в каком её дали человеку пятьсот лет назад.

Среди носителей фамилии нет громких исторических фигур, но это не умаляет её интереса. География ранних упоминаний — Новгород, Обонежье, Зарайск — показывает, что прозвище бытовало в разных землях, от северных до центральных, и не было привязано к одному региону. Судя по всему, Мякотами называли людей самых разных сословий: и торговцев, и землевладельцев, и горожан. Объединяло их одно — внешняя или внутренняя мягкость, которая бросалась в глаза окружающим.