Фамилия Мяхкота — редкий случай, когда прозвище не переделали в стандартную форму на -ов или -ин, а сохранили в исходном виде. В русской ономастике это так называемая «неоформленная» фамилия, то есть застывшее прозвище, которое стало фамилией без добавления суффикса принадлежности. Такие фамилии встречаются в основном в южнорусских и украинских говорах, где прозвищные имена вроде Голота, Несвитай, Мяхкота легко переходили в фамилии.

Основа фамилии — прилагательное «мягкий» (в старом произношении «мяхкий»). Суффикс -от(а) образует отвлечённые существительные со значением качества или состояния: «мягкость», «нежность». Но в прозвищах этот суффикс приобретает ироничный или ласкательный оттенок. Мяхкотой могли назвать человека мягкотелого, нерешительного, излишне добродушного или, наоборот, того, кто любил мягкую постель и покой. Возможна и другая версия: в некоторых диалектах «мяхкота» означала «трясина», «зыбкое болото» — тогда прозвище мог получить человек, живший у болотистого места.

Фамилия почти не встречается в центральных и северных областях России. Её ареал — юг России, Украина, а также переселенческие регионы вроде Кубани. Многие носители фамилии — потомки крестьян или казаков, у которых прозвище закрепилось в документах без изменений. Это отличает Мяхкоту от более распространённых Мягковых и Мягкоедовых, где к основе добавили типовые суффиксы.