Фамилия Мекота — редкая и неочевидная для русского уха. В ней нет привычных суффиксов -ов, -ин или -ский, что сразу выдаёт её нерусское или искусственное происхождение. Скорее всего, перед нами фамилия польского, украинского или белорусского корня, где -ота — распространённый суффикс, образующий прозвища и фамилии от глаголов или прилагательных (сравните: ломота, зевота, Мекота). Основа «мек-» может восходить к польскому «męka» — мука, страдание, или к глаголу «męczyć» — мучить. Тогда Мекота — прозвище человека, который постоянно жалуется, страдает или доставляет хлопоты.

Другая версия, менее вероятная, но возможная, отсылает к диалектному украинскому «мекати» — блеять (по-овечьи). В этом случае фамилия могла закрепиться за пастухом или за человеком с тихим, невнятным голосом. Однако первая версия — от «męka» — встречается в польских ономастиконах чаще и выглядит убедительнее.

Географически фамилия Мекота привязана к западнославянскому ареалу: её носители встречаются в Польше, на западе Украины и в Беларуси. В России она единична и, вероятно, попала сюда в результате миграций XIX–XX веков. Социальный состав предков — скорее всего, крестьяне или мелкая шляхта, поскольку прозвища на -ота характерны для простонародья, хотя в Польше фамилии с таким окончанием носили и шляхтичи.

Обратите внимание на ударение: в русском языке оно падает на второй слог — МекОта, что отличает фамилию от возможного созвучного слова «мекота́» (неологизм или диалектизм). В польском оригинале ударение фиксированное на предпоследний слог — Mękóta.

Если искать однокоренные фамилии, то в Польше есть Męka, Mękowski, Męczyński — все они связаны с тем же корнем «męka». Мекота стоит в этом ряду особняком из-за своего нестандартного окончания, что делает её узнаваемой и редкой.