Фамилия Мектепбаев — тюркская по происхождению, и её разбор сразу уводит в сторону от привычных русских моделей. Основа здесь не имя и не ремесло, а слово «мектеп» — в переводе с казахского, киргизского, башкирского и ряда других тюркских языков это «школа». Вторая часть, «бай», означает «богач», «господин», «хозяин». Вместе «Мектепбай» — это имя или прозвище, которое можно понять как «хозяин школы» или «богатый школой». Важно не путать с современным значением: в традиционном обществе так могли назвать человека, который содержал школу, учил детей, был грамотным и уважаемым. Имя «Мектепбай» встречается у казахов и киргизов, и фамилия Мектепбаев образована от него по русской модели — добавлением суффикса -ев, который в тюркских фамилиях, попавших в российский документооборот, закрепился как стандартный патронимический показатель (как -ов, -ев для сына такого-то).

Слово «мектеп» в тюркские языки пришло из арабского (مكتب, мактаб — «школа»), что указывает на древние связи с исламской образовательной традицией. Носитель фамилии мог происходить из семьи муллы, учителя или просто грамотного человека, который в степи или ауле выполнял роль наставника. Встречается фамилия преимущественно в Казахстане, Киргизии, а также среди тюркоязычных народов России (башкиры, татары), хотя у татар чаще встречается вариант «Мәктәпбаев» с более мягким произношением.

Интересная деталь: в русском языке слово «мектеп» не имеет корней, поэтому фамилия звучит экзотично и сразу выдает носителя как выходца из тюркской среды. В отличие от многих фамилий, образованных от личных имён (Ахметов, Муратов), Мектепбаев напрямую отсылает к социальной роли, что делает её более прозрачной для этимолога. Если бы фамилия возникла в русской среде, её аналогом могла бы стать, например, «Школьников», но с принципиально иной моделью — без компонента «бай», который подчёркивает статус.

Споров о происхождении практически нет: все ономасты сходятся на том, что основа прозрачна, а суффикс -ев — поздний, привнесённый русской административной системой в XIX–XX веках. В дореволюционных записях фамилия могла писаться как «Мектепбаев» или «Мектепбай», пока не устоялась современная форма.