Фамилия Менае — редкий случай, когда написание напрямую указывает на вероятное происхождение. В русском языке окончание -ае нехарактерно для исконных фамилий: оно почти всегда сигнализирует о заимствовании, чаще всего с Кавказа или из тюркских языков.

Скорее всего, фамилия Менае — это русифицированная форма осетинской фамилии Менае (Мӕнӕй). В осетинском языке фамилии на -æ (звучит как нечто среднее между «а» и «э») при записи в русских документах часто получали окончание -ае или -ев. Основа мӕнӕй в осетинском — указательное местоимение «этот», «вот этот». В роли прозвища оно могло закрепиться за человеком, который часто употреблял это слово в речи, или за тем, кого так называли для отличия от других: «вот этот, тот самый». Модель образования типична для осетин: прозвище или личное имя напрямую становилось фамилией без дополнительных суффиксов.

Менее вероятна, но возможна версия, что фамилия — результат искажения при переписи. Если предок носил фамилию Менаев, Меняев или Минаев, то при плохом почерке или ошибке писаря буква «в» могла быть утрачена, а окончание записано на слух как -ае. Особенно это вероятно для южных регионов, где аканье сильнее. Например, фамилия Минаев (от крестильного имени Мина) при произношении «Мина́ев» с ударным вторым слогом могла превратиться в «Минае», а затем в «Менае».

Географически фамилия тяготеет к Северному Кавказу и югу России. Встречается она крайне редко, что подтверждает её локальный характер. Социальный статус предков определить трудно: осетинские фамилии носили и простые горцы, и представители знати (алдары). Если верна версия с искажением, то предки могли быть крестьянами или мещанами, чьи фамилии фиксировали небрежно.

Таким образом, наиболее обоснованная версия — осетинское происхождение от прозвища Мӕнӕй («вот этот»), которое закрепилось как фамилия и при записи в русских документах получило окончание -ае.