Фамилия Менакова — женская форма мужской фамилии Менаков, и её происхождение вызывает больше вопросов, чем однозначных ответов. В отличие от большинства русских фамилий на -ов, образованных от имени или прозвища, основа «Менак» не имеет очевидной славянской этимологии. Если отбросить редкое, почти исчезнувшее слово «мена́к» (в некоторых говорах — «обменщик», «меняла»), то логичнее предположить, что в основе лежит иноязычное имя или прозвище.

Наиболее правдоподобная версия связывает фамилию с тюркскими корнями. В татарском и башкирском языках есть имя Менак (Минәк), которое восходит к арабскому «мин» — «от», «из», но чаще трактуется как уменьшительная форма от Минле (со значением «с родинкой», «отмеченный»). Такие имена были распространены у крещёных татар и башкир, которые после крещения получали фамилии по отцу. Если предок носил имя Менак, то его сын становился Менаковым, а дочь — Менаковой.

Менее вероятна, но возможна связь с греческим именем Менек (Μένεκος) или с немецкой фамилией Menack, попавшей в Россию через колонистов. Однако в русском ономастиконе фамилия Менакова встречается почти исключительно в регионах с сильным тюркским влиянием — в Поволжье, на Урале и в Западной Сибири. Это косвенно подтверждает именно тюркский след.

Суффикс -ов/-ев указывает на принадлежность: Менакова буквально означает «жена или дочь Менака». В XIX веке такие фамилии закреплялись за крестьянскими и мещанскими родами, но конкретных сведений о сословной принадлежности носителей Менаковых в открытых источниках мало. Фамилия не относится к числу дворянских или купеческих, а значит, её носители в большинстве своём были людьми простого звания — землепашцами, ремесленниками или отходниками.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Менаков стоит в одном ряду с Меняковым, Меньшаковым и Меншиковым, но последние имеют прозрачное русское значение (от «меньшой», «младший»). Менаков же — случай, когда этимология упирается в региональную историю: чтобы понять корень, нужно искать не в словарях древнерусского языка, а в метрических книгах татарских и башкирских деревень XIX века.