Фамилия Мендоха в большинстве случаев восходит к мужскому имени Мендоха — польско-белорусскому варианту древнего литовского имени Миндовг. Это имя составное: первая часть mintis переводится как «мысль», вторая daug — как «много». Таким образом, буквальное значение — «многомыслящий». Самый известный носитель этого имени — великий князь литовский Миндовг (1235–1263), первый и единственный король Литвы с 1253 года. Память о нём закрепила имя в ономастиконе восточноевропейских народов, а фамилия, образованная от него, сохранила эту историческую связь.

Существует и другая версия, не связанная с княжеским именем. Согласно ей, в основе фамилии лежит прозвище Мендоха, которое произошло от старинного украинского слова «мендик» — «бедный». Такое прозвище, скорее всего, указывало на социальное положение предка, и в этом случае фамилия несёт не почётный, а бытовой оттенок. Эту гипотезу нельзя отбрасывать: прозвища по имущественному признаку в украинской и белорусской среде встречались часто.

Ещё одна гипотеза выводит фамилию от имени Менди, которое восходит к тюркскому слову «менди» — «держащий мою сторону, поддерживающий меня». В этом случае родители нарекали сына Менди с пожеланием, чтобы он стал опорой и поддержкой в жизни. Иногда имя главы семьи переходило к потомку в неизменной форме, без суффиксов, что и дало фамилию Мендоха.

Какая из версий правдоподобнее? Первая, с именем Миндовг, выглядит убедительнее: она объясняет и форму фамилии, и её географию. Вариант «Мендоха» — закономерное звуковое развитие литовского имени в польской и белорусской традиции, где «г» смягчилось и перешло в «х». Версии с «мендиком» и тюркским «менди» возможны, но опираются на единичные параллели и не подтверждаются массовым распространением фамилии. Впрочем, без родословной конкретной семьи утверждать что-то однозначно нельзя: разные ветви могли получить фамилию независимо друг от друга и из разных источников.